Энтерофлор (исследование состава микробиоты толстого кишечника у детей до 14 лет)

Вопрос о наличии и происхождении «микробиоты» мекония является спорным. В кишечнике плода в норме микробиоты нет, поскольку отсутствуют субстраты для питания микроорганизмов. Источниками появления микробиоты в меконии новорожденного могут быть как вагинальная, кожная и фекальная микробиота матери, так и микробиота полости матки и наружная поверхность ворсин хориона. В любом случае до начала вскармливания ребенка микробиота мекония является транзиторной. Формирование собственной кишечной микробиоты ребенка — это длительный и динамичный процесс, в котором выделяют четыре последовательные фазы.
Динамика формирования кишечной микробиоты у детей зависит от срока гестации, способа родоразрешения, типа питания и применения антибиотиков, поэтому состав микробиоты может различаться у детей одного возраста. Кишечная микробиота младенцев, рожденных естественным путем, характеризуется низким разнообразием, но стабильным составом, так как при родах дети контактируют с представителями вагинальной, кожной и фекальной микробиоты матери. У детей, рожденных путем кесарева сечения, формирование кишечной микробиоты происходит дольше и чаще обнаруживаются условно-патогенные микроорганизмы (УПМ), такие как Clostridium difficile, Enterococcus spp., Klebsiella spp., Streptococcus spp. и Veillonella spp. При грудном вскармливании микробиота кишечника представлена в основном Bifidobacterium spp. (в частности Bifidobacterium breve, Bifidobacterium bifidum и Bifidobacterium longum), а также Lactobacillus spp., Streptococcus spp., Enterococcus spp. и Lactococcus spp. У детей, находящихся на искусственном вскармливании, в микробиоте преобладают анаэробы — представители родов Bacteroides и Clostridium, и снижено число бифидобактерий.
Гестационный возраст является еще одним ключевым фактором, влияющим на формирование микробиоты кишечника. У недоношенных детей развитие пищеварительной и иммунной систем не завершено. Госпитализация, искусственное вскармливание, применение антибиотиков могут привести к необратимым изменениям в естественном процессе колонизации и развития микробиоты кишечника. В частности, у недоношенных новорожденных задерживается анаэробная колонизация, и их фекалии содержат большие количества Enterobacteriaceae, Enterococcus и УПМ по сравнению с доношенными новорожденными. Применение антибиотиков уменьшает общее разнообразие микробиоты, приводит к увеличению содержания резистентных и потенциально патогенных Enterobacteriaceae и Clostridium при снижении количества Bifidobacteriaceae, Bacilli и Lactobacillales.
Стандартным методом исследования состава микробиоты человека является культуральный метод. Однако 50-80% микроорганизмов, составляющих кишечную микробиоту, являются труднокультивируемыми и не выявляются микробиологическим методом, кроме того, результаты посева напрямую зависят от сохранения жизнеспособности микроорганизмов. Посев кала на дисбактериоз предполагает выявление определенного спектра бактерий и грибов в отличие от стандартного посева, при котором происходит культивирование широкого перечня микроорганизмов на различных питательных средах. В то же время исследование на дисбактериоз имеет ограничения, свойственные микробиологическому анализу в целом.
Метод секвенирования нового поколения (NGS) позволяет определять микроорганизмы с точностью до вида, а также вычислять соотношения между видами. Однако информация, получаемая с помощью NGS, часто избыточна и требует высококвалифицированных сотрудников для ее интерпретации, что затрудняет использование секвенирования как рутинного метода исследования. При этом именно по данным исследований NGS были определены таксоны, наиболее релевантные для повседневных исследований другими методами.
В настоящее время наиболее оптимальный подход для исследования микробиоты — применение ПЦР в реальном времени. Это точное и быстрое количественное определение микроорганизмов в образце с использованием видоспецифичных или группоспецифичных праймеров и последующей нормализацией полученных результатов на количество копий генов-мишеней. Многопробирочный и мультиплексный формат исследования позволяет сочетать выявление крупных таксонов с детекцией нескольких ключевых видов и/или субпопуляций микробиоты. В набор реагентов «Энтерофлор® Дети» входят таксоны, составляющие не менее 99,9% суммарной прокариотической массы фекалий ребенка. Согласно опубликованным данным были выделены функциональные таксономические группы, объединенные по основным метаболическим характеристикам и воздействию на организм хозяина. Таким образом, выявляемые в наборе реагентов «Энтерофлор® Дети» таксоны детализированы до уровня клинической значимости с учетом возраста ребенка.
Исследование предназначено для определения ДНК кишечно-ассоциированных микроорганизмов (отделы Bacillota (Firmicutes), Pseudomonadota (Proteobacteria), Bacteroidota (Bacteroidetes), Actinomycetota (Actinobacteria), Fusobacteriota (Fusobacteria), Verrucomicrobiota (Verrucomicrobia), Euryarchaeota), в том числе грибов рода Candida, а также гена метициллинрезистентности Staphylococcus spp. (mecA), Cl. difficile с генами энтеротоксинов А и В (tcdA, tcdB), Str. agalactiae с геном инвазивности (srr2) методом ПЦР в режиме реального времени в препаратах ДНК, полученных из образцов кала детей, с целью оценки состава микробиоты толстого кишечника ИССЛЕДОВАНИЕ РЕКОМЕНДУЕТСЯ при необходимости определения качественного состава и количественной оценки микробиоты толстого кишечника в ходе проведения лечебно-диагностических мероприятий.